Además del conocido retroceso de hasta 50 metros de la costa canaria a mediados de siglo, el cambio climático afectará gravemente a los ecosistemas marinos canarios con la consiguiente desaparición de especies.

El aumento de la temperatura del agua marina, unido al incremento de la salinidad y la acidez de la misma, provocará la desaparición progresiva de especies canarias, como los corales negros y las praderas de algas, Cymodocea nodosa y Zostera noltii. De hecho, desde hace algunos años Zostera noltii ha quedado reducida a escasos ejemplares pasando a ser considerada especie en peligro de extinción.

La capacidad de adaptación de este tipo especies a estas condiciones es mínima debido a que, al estar fijadas al fondo marino, no pueden migrar hacia zonas donde las condiciones (temperatura, salinidad, acidez, luz) sean más favorables para su desarrollo. Los cambios en las condiciones ambientales no afectan sólo a la aparición de especies de afinidad subtropical, sino también a un incremento del riesgo de invasión por especies exóticas introducidas de forma accidental. Sirva de ejemplo la presencia, en Canarias, de la especie australiana Caulerpa racemosa var. Cylindracea.

Por otro lado, el efecto más conocido del Cambio climático en la costa canaria es el retroceso de la misma en hasta 50 metros para mediados de siglo, principalmente en la zona norte de las islas, provocado por la variación en la dirección del oleaje.

Además de los efectos del Cambio climático existen otras presiones adicionales, derivadas de la actividad humana incontrolada. Los vertidos de aguas residuales, la pesca de arrastre y fondeo de embarcaciones que degradan los fondos marinos; y los episodios de contaminación por el transporte marítimo y el vertido de aguas residuales, pueden tener repercusiones económicas negativas al afectar a los recursos vivos marinos, como son las poblaciones de peces de interés comercial que dependen de estas especies tan vulnerables.